Gare aux Fungi

Il y a un milliard d’années, nos ancêtres unicellulaires nageaient dans le vaste océan du monde. Ils se propulsaient à l'aide de minuscules flagelles, et se nourrissaient de plantes primitives, d'algues ou s'entredévoraient. C'est à cette époque que deux groupes appartenant à ces créatures d'antan finirent par se singulariser, et constituer deux des règnes les plus prospères du vivant. L'un de ces groupes devint le règne animal. L'autre, le règne des Fungi, plus communément appelés «champignons». Animaux et champignons respirent de l'oxygène et font le plein d'énergie en consommant de la nourriture. Leurs cellules sont semblables. Depuis leur apparition – ou presque –, les deux royaumes occupent la terre, dont ils font le théâtre d'un drôle de bras de fer fraternel. Lorsque les conditions environnementales changent brusquement, les champignons se transforment en opportunistes parricides, attaquant et se repaissant de leurs cousins animaux affaiblis. Le tumulte environnemental actuel favorise l'apparition de redoutables variétés de Fungi. Nids de bourdons, colonies de chauves-souris, plusieurs centaines d'espèces de grenouilles – tous finissent anéantis par le règne fongique.

Et nous sommes les prochains sur la liste.

Plasticité et métamorphose

Les animaux ont tendance à avaler, puis à digérer leur nourriture. Chez la plupart des espèces de champignons, la méthode diffère: ils déploient des tentacules voraces – les mycéliums – vers leur nourriture, font jaillir des enzymes digestives, et aspirent les substances nutritives ainsi délogées. Grâce à ce système d'alimentation, les champignons sont les grands décomposeurs du monde. Ils dissolvent les plantes et les animaux morts, libérant et recyclant les composés organiques.

Après l'explosion de Deepwater Horizon, plateforme pétrolière de BP située dans le golfe du Mexique, les nématodes (entre autres minuscules animaux) ont presque complètement disparu des étendues de sables couvertes de pétrole. Les habitats contaminés regorgent aujourd’hui de moisissures – type de champignon que l’on retrouve sur les rideaux de douche. Ces moisissures décomposent le pétrole brut et le transforment en hydrocarbures, moins toxiques pour les animaux.

Aussi utiles soient-ils en tant que grands décomposeurs, les champignons n’hésitent pas à se repaître de cellules vivantes lorsqu’ils en ont l’occasion. Ils peuvent alterner à loisir entre plusieurs régimes alimentaires, et peuvent dévorer les cadavres comme les organismes vivants. Cette plasticité renforce leur potentiel pathogène. Mais leur meilleur atout demeure leur aptitude à la métamorphose. Les champignons peuvent revenir à l’état de spore et survivre sans aucune nourriture sur de longues périodes. Sous cette forme, ils peuvent flotter sur de vastes distances, portés par l’eau ou par l’air. Lorsque les conditions leur conviennent, ils peuvent rapidement déployer de longs mycéliums et les plonger dans la chair (morte ou vive), voire s’infiltrer au sein des cellules vivantes pour s'en repaître.

Ces deux propriétés – subsister pendant de longues périodes sans manger et alterner entre plusieurs régimes alimentaires – expliquent le caractère dangereux des maladies fongiques. Bactéries et virus provoquent leur propre perte lorsqu’ils tuent leur victime avant de contaminer de nouveaux hôtes. Les champignons, eux, peuvent tuer leurs hôtes – et détruire des populations entières – sans courir le moindre risque.

il y a deux cent cinquante millions d’année, notre planète a connu sa plus grande extinction de masse, sans doute à cause d’un brusque changement climatique. Des champignons jusqu'alors terrestres prirent peu à peu de l'altitude pour dévorer les forêts affaiblies par cette pagaille environnementale. «Les plantes en mauvaise santé sont plus susceptibles d’être infectées par de tels champignon», explique Cynthia Looy, biologiste à Berkeley (University of California), qui s’intéresse à l’évolution des plantes confrontées à des bouleversements environnementaux. «Les champignons peuvent accélérer la mort des plantes affaiblies par une forte tension et une mauvaise santé.»

Il y a soixante-cinq millions d’années,  les dinosaures ont été condamnés à l’extinction (sans doute à cause du passage d'une comète). A la même époque, des spores de champignons ont brusquement saturé l’ensemble de la planète. Selon certains chercheurs, ce sont les Fungi qui ont donné le coup de grâce aux dinosaures – alors déjà bien affaiblis –, contribuant ainsi à l’essor des mammifères. Les climats chauds siéent peu aux champignons, et le sang chaud des mammifères leur fournit une légère protection contre les agresseurs fongiques.

Depuis un siècle, les maladies fongiques ont eu raison de grandes forêts d’ormes, de marronniers, de pins et d’autres espèces d'arbres de part le monde, bouleversant des écosystèmes entiers et laissant de mornes étendues herbeuses sur leur passage. Le champignon chytride Batrachochytrium dendrobatidis aurait d'autre part éradiqué plusieurs centaines d’espèces d’amphibiens, et on lui attribue l’extinction de nombreuses espèces de grenouilles dans le monde entier. Des chercheurs ont récemment affirmé qu’il infectait et tuait des écrevisses. En 2006, on a découvert plusieurs chauves-souris malheureusement affectées par le syndrome du nez-blanc; le champignon responsable de cette maladie a fait cinq millions de mort parmi les chauves-souris hibernantes dans vingt-et-un Etats américains et quatre provinces canadiennes.  

Les chercheurs n’avaient jamais vu un pathogène semer la mort avec une telle férocité parmi la faune et la flore. Et on constate de plus en plus de victimes chez l’homme.

Les malades immunodéprimés sont les premiers concernés

De nombreuses personnes souffrent d’un système immunitaire affaibli (seniors, malades du sida – entre autres maux –, patients sous traitement anticancéreux ou ayant subi une greffe d’organe). «Ces patients immunodéprimés sont particulièrement fragiles face aux pathogènes fongiques», explique Joseph Heitman (Centre sur la pathogenèse microbienne du Duke University Medical Center). «Et ce groupe ne cessera de croître».

Les infections au Cryptococcus neoformans sont rares parmi les personnes en bonne santé  – mais ce champignon fait des ravages parmi les personnes immunodéprimés. Il se répand avant tout via le guano des pigeons, et se contracte via l’inhalation de spores. Il infecte chaque année plus d’un million de malades immunodéprimés à travers le monde, selon les chiffres des Centers for Disease Control and Prevention. C’est en Afrique sub-saharienne que les malades sont le plus affectés; chez les malades du sida infectés par le champignon, les taux de mortalité atteignent les 70%.

Lorsque nous arrachons les arbres des forêts et retournons les sols, nous tirons les spores de leur sommeil et les lâchons dans la nature; il s’agit parfois de variétés auxquelles n’a jamais été confronté l’homme – pas plus que le reste du règne animal. Le commerce mondial contribue à propager et à hybrider de nombreuses souches de champignons. Quant à notre consommation souvent injustifiée des médicaments antibactériens (y compris chez les animaux d'élevage), elle contribue à tuer des microbes qui pourraient nous aider à limiter l’action des champignons.

«L’environnement change à une vitesse pour le moins spectaculaire, précise Heitman. L’abattage, la culture maraîchère, la sylviculture et les autres pratiques perturbant l’environnement et déplaçant la terre ou les arbres contaminés par les champignons contribuent grandement à cette situation.»

Les champignons ne se contentent pas de s’attaquer à nos organes et à nos cellules; ils puisent également dans nos propres aliments – et ce avec voracité. Le pain moisi n’est qu’un petit tracas de la vie quotidienne, mais les pandémies fongiques sont visiblement capables de frapper le monde agricole sur une échelle proprement ahurissante. Dans la revue scientifique Nature, des chercheurs ont calculé que les pathogènes fongiques connus pourraient détruire plus d’un tiers des réserves des principales récoltes (en cas d’épidémies graves et simultanées). Les maladies fongiques de type Magnaporthe grisea ou Puccinia graminis ont déjà un impact important sur la productivité agricole: «nos calculs montrent que même les maladies persistantes de faible ampleur pouvait provoquer des pertes qui, si elles étaient atténuées, suffiraient à nourrir l'équivalent de 8,5% de la population mondiale de 2011 – environ sept milliards de personnes».

Cette année, trente-neuf personnes sont mortes et cinq cent quatre vingt-et-une autres sont tombées malades après que des spores de moisissures se sont infiltrées dans leurs médicaments immunosuppresseurs. Les médicaments contaminés avaient directement été injectés dans le système nerveux des patients; le champignon s'y était épanoui.

Dans les régions désertiques du sud-ouest des Etats-Unis, des médecins ont signalé un pic de cas de coccidioïdomycose, une maladie douloureuse et parfois mortelle. Un champignon – qui pousse naturellement dans le sol – passe dans l'organisme via les narines ou la bouche avant de se nicher dans les poumons. Une fois installé, il déploie ses mycéliums et commence à se sustenter. On a répertorié 4815 malades en Arizona pour l'année 2007; 16 473 en 2011. Il existerait de fortes concentrations des Coccidioïdes immitis autour des carcasses d'animaux en décomposition. Selon certains chercheurs, il se serait d'abord attaqué aux cadavres d'animaux avant d'adapter son régime alimentaire aux tissus vivants.

Cryptococcus gattii, naguère circonscris aux régions tropicales, se répand dans le nord-ouest pacifique. Il y a tué plusieurs personnes depuis sa découverte sur l'île de Vancouver, en 1999. Il peut causer des pneumonies et des méningites, et ce même chez des sujets en parfaite santé. On a depuis détecté sa présence en Idaho, en Californie, et au Canada (dans des régions situées au nord de Vancouver).

La course au vaccin est engagée

Dans la communauté scientifique, c'est à qui découvrira le premier vaccin permettant de lutter contre les pathogènes fongiques les plus redoutables. Il est facile de se procurer les traitements antifongiques actuellement disponibles. Ces derniers attaquent les membranes et les parois cellulaires fongiques. Mais nos tissus ont des structures proches de celles des champignons; si proches qu'un puissant traitement visant les cellules fongiques pourrait attaquer les organes qu'il devait protéger.

Le fléau des contagions fongiques va s'aggraver avec le temps, et tout particulièrement chez les personnes immunodéficientes. Pour l'heure, aucune épidémie fongique (égale à celles qui déciment grenouilles et chauves-souris) ne semble nous menacer directement. Et ce avant tout parce que notre température corporelle est plus chaude et moins hospitalière pour les champignons que celle des amphibiens et des mammifères hibernants. Autre avantage: une partie des maladies fongiques les plus redoutables pour l'homme sont aujourd'hui contractées via les spores présentes dans l'environnement; elles ne se transmettent pas entre humains, comme la peste noire et la grippe espagnole, respectivement provoquées par une bactérie et un virus.

Or d’autres maladies fongiques se transmettent déjà d’une personne à une autre; certaines d'entre elles sont sexuellement transmissibles (candidoses…). Si de nouvelles souches de champignons toxiques évoluaient pour acquérir la capacité de passer d’un humain à l’autre, ou d’un animal (sauvage, d'élevage) à un humain, notre planète pourrait bientôt fourmiller de nouvelles maladies.

Chez les scientifiques qui estiment que les champignons ont peut-être achevé les dinosaures à sang froid pendant une période de refroidissement planétaire, certains déclarent aujourd’hui que le réchauffement de la planète pourrait aider des pathogènes du même type à supporter la chaleur de notre sang. Nous perdrions alors notre meilleur moyen de défense contre l’ennemi fongique, et nos opportunistes cousins seraient en mesure de nous submerger; de saper les fondations de l'espèce humaine en la décomposant, cellule après cellule.

Article original: http://www.slate.com/articles/health_and_science/pandemics/2012/12/fungal_diseases_bats_frogs_and_humans_are_at_risk_from_new_fungi.single.html.

John Upton est journaliste indépendant à Delhi (Inde). Il tient un blog consacré à l'écologie sur le site www.wonkonthewildlife.com.