Souhaitez-vous disposer du «disque dur génétique» de votre enfant dès sa naissance?

Lors de la conférence, Watson a parlé de l'importance du génome dans la recherche médicale. «Je pense que grâce aux avancées technologiques que nous célébrons aujourd'hui, la santé et la compassion auront progressé dans le monde d'ici cinquante ans», a-t-il déclaré. L'équipe de Baylor ne s'est pas contentée de mettre le génome sur un DVD; ils ont également intégré la séquence dans la base publique de données GenBank. Les chercheurs peuvent la télécharger et la comparer à d'autres génomes humains. Mais ils ne pourront pas y observer certains gènes de Watson; 20 000 gènes, pour être exact. Ces gènes encodent une protéine dénommée apolipoprotéine E. Un variant, l'ApoE4, augmente considérablement les risques de développer la maladie d'Alzheimer. L’une des grands-mères de Watson est morte des suites de cette maladie, et Watson refusait de savoir s'il était porteur de ce variant génétique.

Si Watson avait bel et bien été porteur de l'ApoE4, il n'aurait pas tardé à être fixé sur son sort. Chez les porteurs d'un exemplaire de l'ApoE4, l'âge moyen de l'apparition d'Alzheimer est de 76 ans; avec deux exemplaires, il tombe à 68 ans. Voilà maintenant six ans que Watson a reçu son génome sur DVD. A 85 ans, il ne présente aucun signe de la maladie.

Aujourd'hui, vous n'avez plus besoin de vous appeler James Watson pour savoir si vous êtes porteur de l'ApoE4. En 2011, la société de tests génétiques individuels23andMea commencé à proposer le dépistage de ce variant. Il suffisait pour ce faire d’adresser à cette société un échantillon d'ADN. Après avoir lu une page d'informations et d'avertissements, les clients peuvent découvrir s'ils sont ou non porteurs du variant –et s’ils sont, le cas échéant, condamnés à anticiper le déclin potentiel de leurs facultés cognitives pendant plusieurs décennies.

Imaginez maintenant que l'on pousse à l’extrême la logique de ce type de révélations. Votre fille vient de naître. Les médecins prélèvent sur elle un échantillon de son sang, qu'ils utilisent pour séquencer son génome. Quelques jours plus tard, vous recevez un rapport complet sur le génome de votre nouveau-né. Mérite-t-elle de savoir ce qui l'attend peut-être? Vaut-il mieux la laisser profiter d'une enfance sans nuages? Le fait de disposer de l'ensemble de son génome (et non d'une analyse d'un simple gène) permet de partir à la recherche de nombreux variants génétiques augmentant les risques de survenue de diverses maladies à l'âge adulte –comme le gène BRCA1, qui augmente les risques de cancer du sein. Faut-il mettre l'ensemble du rapport à sa disposition? Saurez-vous faire face à ce que sa séquence génomique pourrait révéler sur votre santé ou celle de votre époux/épouse (puisque son ADN vient de vous deux)? La découverte d'un gène particulièrement néfaste n'assombrirait-elle pas les premières années passées aux côtés de votre enfant?

«L'idée d'un séquençage génétique universel à la naissance est évoquée depuis longtemps, mais c'était utopique», explique Robert Green, du Brigham and Women's Hospital. Selon lui, la fiction pourrait bientôt devenir réalité. Dans un récent article, Razib Khan explique qu'il a obtenu le séquençage du génome de sa fille pour quelques centaines de dollars. L'entreprise chargée de cette tâche n'a pas séquencé l'ensemble du génome, mais quelques millions de marqueurs génétiques glanés sur ses chromosomes. Khan a toutefois pu s'appuyer sur ces informations pour déterminer ses risques de développer ultérieurement une maladie génétique.

Le coût d'un séquençage complet est sensiblement plus élevé –plusieurs milliers de dollars. Quelques établissements hospitaliers américains ont commencé à séquencer le génome complet de patients souffrant de maladies ne pouvant être identifiées par l'habituelle batterie de tests génétiques, ou dont les maladies résistent aux traitements traditionnels.

Une étude sur les conséquences du séquençage

Au fur et à mesure que le prix du séquençage génomique baisse, notre compréhension des liens entre variations génomiques et problèmes de santé progresse. Et certains chercheurs pensent que les séquençages génomiques des nouveau-nés pourraient représenter une incroyable opportunité pour notre santé. En analysant le génome d'un bébé, un pédiatre pourrait par exemple repérer une mutation liée à un cancer de l'enfant particulièrement virulent. Les médecins pourraient éviter d'administrer certains médicaments à des enfants pour les protéger de leurs effets secondaires dévastateurs. Ainsi les enfants porteurs de variants d'un gène dénommé TMPT ne peuvent éliminer certains traitements contre la leucémie; ces derniers empoisonnent peu à peu leur moelle osseuse.

Mais nous ne pouvons pas prédire les avantages potentiels du séquençage à la naissance, comme nous ne pouvons prévoir le degré d'angoisse qu'il pourrait provoquer chez les enfants et leurs parents. L'an prochain, Green et son équipe se lancent néanmoins dans une étude visant à répondre à quelques-unes de ces questions. BabySeq –c'est le nom du projet– vient de recevoir une subvention de six millions de dollars des National Institutes of Health. Il sera dirigé par Green au sein du Brigham and Women's Hospital et par Alan Beggs au Boston Children's Hospital.

Green résume l'objectif de BabySeq en une question: «Si vous aviez accès à votre génome dès votre naissance, en quoi cela pourrait influencer votre vie?» Green et ses collègues sont en train d'élaborer leur protocole pour ce projet. Il sera ensuite étudié par un Comité d'évaluation institutionnel, qui évaluera la dimension éthique de leur plan d'action. Green et son équipe prévoient d'étudier 240 bébés en bonne santé au Bringham and Women's et 240 bébés malades à l'unité néonatale de soins intensifs du Children's Hospital. L'équipe de BabySeq réalisera le séquençage de la moitié des enfants des deux groupes et fournira les génomes à leurs médecins. Elle y joindra des informations sur les variants génétiques de chaque enfant. Green, Beggs et leurs collègues suivront l'évolution des bébés pendant au moins un an, afin d'observer l'éventuelle apparition de différences entre ces derniers et les bébés n'ayant pas fait l’objet de séquençage.

On pourrait aisément prétendre que l'existence de BabySeq prouve que la science-fiction d'hier est devenue réalité –que l'on voie cette réalité comme l'âge d'or de la médecine personnalisée ou comme une dystopie à la «Bienvenue à Gattaca». Mais ces conclusions seraient toutes deux erronées. Les mutations représentant les risques les plus importants pour les enfants sont particulièrement rares. Au sein d'un groupe de 240 nourrissons, il est tout à fait possible qu'aucune n'apparaisse. L'équipe BabySeq serait alors incapable d'observer la façon dont les médecins ajustent leurs traitements en fonction des informations génomiques. «Il y a sans doute assez peu de chances pour que l'on détecte quelque chose d'assez important pour modifier la vision qu'a le médecin de la santé de l'enfant», explique Green.

BabySeq est, au mieux, une étude pilote. Lorsqu'elle aura pris fin, les chercheurs seront peut-être en mesure de lancer un projet à part entière, en étudiant 10 000 nourrissons. Et pourraient alors commencer à obtenir de véritables résultats. Pour l'heure, Green est déjà heureux d'avoir pu faire sortir le débat sur l'éthique de la génomique du domaine de l'abstrait pour l'amener vers celui du concret. «Nous serons confrontés à la réalité: de vrais bébés, de vraies familles, de vrais cliniciens et de vrais résultats de laboratoire», explique Green.

Il pourrait être étrange d'entendre Green se réjouir à l'idée d'obtenir de véritables résultats de laboratoire. Mais l'équipe du chercheur doit répondre à une question des plus complexes: comment communiquer les résultats d'un séquençage génétique? Et ce projet fait figure de première piste. Peut-être BabySeq participera-t-il à la résolution du problème. Les données obtenues à partir du génome peuvent être à la fois accablantes, ambiguës, déroutantes et bouleversantes. L'équipe de BabySeq va mettre au point des méthodes permettant de distiller les informations dans des rapports pouvant être exploités par des médecins non-généticiens.

«A quel stade et comment vos médecins peuvent-ils utiliser les informations présentes dans votre génome? Nous ne disposons même pas d'une marche à suivre bien établie en la matière», explique Green. Quant à la question des parents –que peut-on, que doit-on leur dire?–, elle est encore plus complexe. «Que doit-on faire lorsqu'une famille nous dit "Nous voulons le disque dur"?», s'interroge-t-il. «Je pense qu'il nous faudra répondre à cette question un jour ou l'autre.»

Article original: If your DNA is sequenced at birth, how would it affect your life?A new project aims to find out.