Microbiote : vrai ou faux ?

Notre microbiote intestinal, autrefois appelé flore intestinale, est essentiellement composé de bactéries. Depuis la publication du best-seller de Giulia Enders, Le charme discret de l’intestin, ces organismes vivant dans notre système digestif sont à la mode. Que se cache-t-il derrière ces 100’000 milliards de micro-organismes? Réponses avec le Pr Jacques Schrenzel, responsable des laboratoires de bactériologie et de recherche génomique.

Nous avons tous le même microbiote digestif.

Faux. Chacun a le sien, qui dépend probablement de notre patrimoine génétique et de notre style de vie (habitudes alimentaires, voyages, consommation d’alcool, de médicaments, etc.). Au final, chacun a un équilibre qui lui est propre.

Les bactéries intestinales jouent un rôle sur notre métabolisme.

Vrai. En plus des fonctions connues de notre intestin, on découvre que les bactéries participent activement à notre métabolisme. En transférant le microbiote de souris obèses, on a induit une obésité chez des souris minces. De même, chez l’homme, des données confirment que la modification du microbiote est en lien avec la prise pondérale. Mais pour l’heure, on ne peut pas transplanter de microbiote pour maigrir.

Le microbiote peut rendre malade.

Vrai. Depuis peu, on sait que les modifications du microbiote digestif peuvent aussi causer, avec d’autres facteurs, des inflammations du côlon, du système digestif, des maladies rhumatismales, neurologiques, comme Alzheimer et Parkinson, et neurodéveloppementales (maladies du spectre autistique).

Le système digestif est un « deuxième cerveau ».

Vrai. C’est le plus grand système nerveux après notre cerveau. Il présente une quantité impressionnante de neurones qui ont sans doute d’autres fonctions, comme la communication entre le microbiote et notre cerveau. Par ailleurs, les bactéries produisent des substances chimiques qui agissent à distance comme des hormones y compris sur notre cerveau et affectent certains de nos comportements, par exemple en modulant la satiété.

Les antibiotiques n’ont pas d’impact sur le microbiote humain.

Faux. Un certain nombre d’antibiotiques perturbent l’équilibre du microbiote et peuvent occasionner des problèmes comme la colite à Clostridium difficile ou la sélection de bactéries résistantes aux antibiotiques.

La transplantation de bactéries intestinales peut soigner.

Vrai et faux. Elle est utilisée pour le traitement de colites récidivantes dues à une infection par la bactérie Clostridium difficile. Pour d’autres maladies, comme l’arthrite rhumatoïde ou l’autisme, il y a du potentiel, mais il faudra qu’on le prouve. Des études cliniques doivent être menées pour démontrer quels patients pourraient en bénéficier et mieux comprendre le rôle de certains éléments du microbiote chez ces patients.

L’analyse du microbiote est un examen de routine.

Vrai et faux. L’outil, à savoir le séquenceur à haut débit d’ADN, existe. Mais on n’en sait pas encore assez pour l’utiliser lors de tests diagnostiques. De nombreuses équipes de recherche, y compris aux HUG, visent à l’intégrer dans la pratique courante. Avec le développement des connaissances, il deviendra un outil essentiel pour la médecine personnalisée.

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Paru dans Pulsations - Octobre 2016