Un vaisseau spatial combat le cancer du sein

Dernière mise à jour 10/03/15 | Article
Un vaisseau spatial combat le cancer du sein
Lancé sur téléphones mobiles par des développeurs de Facebook, Google et Amazon, le jeu vidéo Genes in Space contribue à la recherche sur le cancer du sein.

Terre, l’an 2824. Vous êtes un pilote employé par la société Bifrost Industries. Votre mission: parcourir la galaxie à bord de votre vaisseau et récolter un maximum d’éléments alpha, une substance miracle utilisée en médecine. Vous planifierez vos déplacements à l’aide de cartes stellaires, et devrez éviter les astéroïdes qui seront sur votre chemin. Bonne chance!

Sous ses airs de jeu vidéo classique – disponible gratuitement sur les smartphones et tablettes Android ou Apple –, Play to Cure: Genes in Space est en réalité une gigantesque expérience de science participative destinée à accélérer la recherche sur le cancer du sein. Sortie il y a un an à l’occasion de la Journée mondiale de lutte contre le cancer, cette application a été imaginée par des cancérologues du Cancer Research UK, un institut de recherche britannique.

Pour comprendre comment fonctionne le jeu, il faut remonter aux liens intimes entre génétique et cancers du sein. Fondamentalement, tous les connaître permettrait de mieux comprendre la maladie. Et d’un point de vue clinique, cela permettrait de mieux soigner les patients. «Il existe une multitude de cancers du sein, confirme Khalil Zaman, oncologue au Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) et à la Clinique Bois-Cerf. Ils sont chacun associés à des gènes bien distincts; ils évoluent donc différemment et nécessitent des traitements spécifiques. Certains sont par exemple liés à des gènes du système hormonal, ce qui diminue les bénéfices de la chimiothérapie». D’où l’intérêt, pour les scientifiques, de connaître avec précision à quelles anomalies génétiques sont associés les différents types de cancers du sein: en analysant le génome d’une tumeur mammaire pour identifier les gènes actifs, les médecins pourraient déterminer rapidement et plus précisément de quel type de cancer il s’agit.

Avec les progrès réalisés en séquençage génétique, une telle analyse ne pose plus aucun problème. Grâce à des outils appelés puces à ADN, les chercheurs peuvent facilement étudier les gènes de milliers de tumeurs. Mais ils doivent alors faire face à une nouvelle difficulté: dans les milliards de graphiques générés, comment distinguer les modifications réellement impliquées dans le cancer des autres modifications, tenant du hasard? Le seul moyen est de comparer les échantillons tumoraux de milliers de patientes, afin de retrouver les gènes communs qui jouent véritablement un rôle. Les chercheurs ont évidemment pensé à confier la tâche à des logiciels informatiques. Mais ces derniers, bien que rapides, ne sont pas assez sûrs. Il faut donc faire appel à l’œil humain, qui peut repérer les anomalies génétiques subtiles avec une bonne précision, bien que très lentement. Comment dès lors accélérer la tâche?

C’est de là qu’est née l’idée de Cancer Research UK: confier ce travail à des centaines de milliers de joueurs afin d’accélérer le processus. Un message le rappelle d’ailleurs au lancement du jeu: «Trouver les marqueurs génétiques favorisant les cancers peut prendre des années. Genes in Space est un moyen d’y parvenir plus rapidement».

Le principe étant posé, il ne restait plus qu’une étape – et pas des moindres: rendre la tâche ludique et agréable pour les participants. Cancer Research UK a ainsi réuni des développeurs issus d’entreprises prestigieuses telles que Facebook, Google et Amazon. Ces derniers ont en quelque sorte «maquillé» les données brutes des puces à ADN en cartes stellaires, sur lesquelles naviguent les joueurs. Les zones du génome potentiellement intéressantes pour les chercheurs sont celles qui existent en plusieurs exemplaires (voir le schéma). Dans le jeu, ces régions deviennent des zones riches en éléments alpha, que le joueur doit récolter. Avant sa mission, celui-ci établit sur la carte un itinéraire qui lui permettra de récolter un maximum d’éléments alpha. De cette façon, le joueur indique, sans s’en rendre compte, quelles régions du génome sont potentiellement anormales. Les données sont ensuite envoyées à un serveur informatique et les scientifiques n’ont plus qu’à étudier directement ces anomalies, sans avoir à éplucher des millions de données au préalable.

Principe du jeu
Principe du jeu

Principe du jeu

Les développeurs ont transposé des milliers de graphiques issus de puces à ADN (en bas) en cartes stellaires dans le jeu Genes in Space (en haut). En établissant son itinéraire pour récolter un maximum d’éléments alpha (points verts), le joueur indique en fait aux scientifiques quelles zones sont potentiellement anormales (correspondant aux pics roses de l’image en bas).

 

Genes in Space aidera-t-il réellement la recherche contre le cancer? Pour Khalil Zaman, «l’idée est intéressante, car elle évite de passer des mois sur un outil informatique complexe et à la fiabilité limitée. Avec un nombre élevé de joueurs, on peut gommer les éventuelles erreurs et obtenir ainsi une bonne analyse». Et pour ce qui est du nombre de joueurs, pas de souci: l’application a été téléchargée 220 000 fois en un mois. De quoi analyser bon nombre de séquences ADN, à condition de faire un bon score.

Quand la science fait appel au public

Ce n’est pas la première fois que les scientifiques font appel au public pour leur donner un coup de main. Ce phénomène, appelé «sciences participatives» ou «sciences citoyennes», nous vient des pays anglo-saxons. A chaque fois le principe est le même: il faut donner un peu de son temps, ou de sa puissance de calcul informatique, pour contribuer à des projets que les scientifiques ne pourraient mener seuls, faute de temps ou de moyens. En voici quelques exemples.

En astronomie, le programme Galaxy Zoo demande aux internautes de classer des galaxies sur des images prises par des télescopes. Une tâche impossible à réaliser par un ordinateur. En biologie, on peut recenser les insectes ou les oiseaux vivant près de chez soi avec le programme Vigie Nature du Muséum d’histoire naturelle de Paris. Enfin, en physique, des volontaires ont mis leur ordinateur à contribution pour aider les physiciens du CERN à simuler des collisions de particules, processus qui demandent une énorme puissance de calcul.

A LIRE AUSSI

Sexualité féminine
excitation sexuelle féminine

L’excitation sexuelle féminine, comment ça marche ?

L’excitation sexuelle est un élément crucial de la sexualité, puisqu’avec elle naît la volupté qui peut...
Lire la suite
Chlamydia
Sexe oral: un plaisir qui n'est pas sans conséquences

Sexe oral: un plaisir qui n'est pas sans conséquences

Plaisir sexuel très apprécié par beaucoup d’hommes, la fellation pratiquée sans préservatif peut toutefois...
Lire la suite
Ménopause
perimenopause_symptomes_vie_femme

Périménopause: quand des symptômes changent la vie d’une femme

Bouffées de chaleur, sautes d’humeur et prise de poids. Tel est le sort réservé à certaines femmes qui...
Lire la suite
Articles sur le meme sujet
PS37_reconstruction_mammaire

Cancer du sein: le temps de la reconstruction

La reconstruction mammaire fait désormais partie intégrante de la prise en charge globale du traitement du cancer du sein. Ces dernières années, les techniques se sont développées pour apporter des résultats sûrs et satisfaisants pour les patientes.
sein_eviter_chimiothérapie

Cancer du sein: éviter la chimiothérapie grâce aux tests génétiques

Depuis plusieurs années, les analyses génétiques sont utilisées pour orienter le choix thérapeutique dans les cancers du sein. Mais une nouvelle étude pourrait permettre de réduire significativement la prescription de chimiothérapies.
cancer_sein_union

Contre le cancer du sein, l’union fait la force

Hétérogène à tous égards, le carcinome mammaire nécessite, pour être soigné, une prise en charge multidisciplinaire et des traitements de plus en plus personnalisés.
Videos sur le meme sujet

Un soutien-gorge pour détecter le cancer du sein

SmartBra est un soutien-gorge qui intègre un diffuseur dʹultrasons pour détecter les tumeurs naissantes.

Le réseau FARE pour accompagner les femmes atteintes du BRCA 1 et 2

Le réseau FARE (Face Au Risque Ensemble) est un réseau d'accompagnement qui a été mis sur pied par le Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV).

Les vertus de l'aviron lors d'un traitement contre le cancer

Ramer en rose, c’est le nom d’un projet original et courageux qui a démarré sur le Léman.
Maladies sur le meme sujet
Mammographie

Cancer du sein (carcinome mammaire)

Chaque année en Suisse, environ 5500 femmes et environ 40 hommes développent un cancer du sein. Le cancer du sein est ainsi le cancer le plus fréquent dans la population féminine: il représente presque un tiers de tous les diagnostics de cancer chez la femme.