Le métagénome des bactéries intestinales sous la loupe

Dernière mise à jour 30/05/12 | Article
Microscope et chaîne ADN
L’objectif du programme européen MétaHIT (Métagénomique de l’intestin humain), lancé en 2008, est ambitieux. Précisions.

Il vise à établir le profil génétique de la dizaine de milliers de milliards de microbes qui peuplent notre intestin, afin de comparer la flore intestinale – le microbiote – d’individus en bonne santé avec celui de personnes obèses ou souffrant d’une inflammation chronique intestinale.

3,8 millions de gènes

Après avoir séquencé la totalité de l’ADN fécal de près de 124 Européens, les chercheurs ont d’abord eu la surprise de constater qu’ils obtenaient un catalogue de 3,8 millions de gènes. Cela correspond à environ 1000 espèces microbiennes différentes, chaque personne en abritant au moins 170. C’est très peu: auparavant, on estimait qu’il existait des millions, voire des milliards d’espèces bactériennes intestinales et que chacun disposait d’une flore unique. Ce n’est donc pas le cas, même s’il existe une grande variété entre les individus.

Par ailleurs, l’analyse du métagénome bactérien d’habitants de trois continents – Europe, Etats-Unis et Japon – a révélé  que tous les individus pouvaient être classés en trois groupes distincts. Chacun de ces «entérotypes» est caractérisé par une population bactérienne prédominante et sa composition ne semble dépendre ni du sexe, ni de l’âge ni même à la zone géographique.

Les différentes flores bactériennes

Quant au projet américain Humain Microbiome Project (HMP), il est encore plus vaste. Il vise à séquencer toutes les bactéries qui peuplent l’organisme humain – non seulement celles de l’intestin, mais aussi celles qui colonisent la peau, le tube digestif, le nez ou le vagin. Son but est de constituer une base de données des gènes bactériens qui sera mise à la disposition des chercheurs.

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Le microbiote, un territoire plein de promesses et de mystères

Découvert grâce aux techniques de séquençage génétique dans les années 2000, le microbiote intestinal et les milliards d’organismes qui le composent, joue un rôle déterminant sur notre santé. La composition de cet univers jusqu’ici inconnu - ou presque - pourrait expliquer le développement de nombreuses maladies tandis que sa manipulation pourrait offrir de nouvelles options thérapeutiques. L’influence du microbiote intestinal sur notre organisme, en particulier sur notre cerveau, apparaît en effet majeure. Cette réputation de rôle-clé dans la santé est née de premières études scientifiques, comparant le comportement de souris nées artificiellement sans microbiote, avec celui d’animaux nés dans des conditions normales. Les premières se révèlent plus chétives et plus fragiles. Elles sont davantage sujettes à la maladie, au stress et à des troubles du développement. Néanmoins, les effets de l’absence de microbiote sur le comportement restent peu clairs.
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Mon microbiote, mon âge et moi

Objet de toutes les attentions, le microbiote reste empreint de mystère. Mais la recherche avance. Parmi les découvertes sous les projecteurs: l'évolution du microbiote au cours de notre vie et son impact potentiel sur la survenue de maladies dégénératives, comme la maladie d’Alzheimer ou la maladie de Parkinson.
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