Le métagénome des bactéries intestinales sous la loupe

Il vise à établir le profil génétique de la dizaine de milliers de milliards de microbes qui peuplent notre intestin, afin de comparer la flore intestinale – le microbiote – d’individus en bonne santé avec celui de personnes obèses ou souffrant d’une inflammation chronique intestinale.

3,8 millions de gènes

Après avoir séquencé la totalité de l’ADN fécal de près de 124 Européens, les chercheurs ont d’abord eu la surprise de constater qu’ils obtenaient un catalogue de 3,8 millions de gènes. Cela correspond à environ 1000 espèces microbiennes différentes, chaque personne en abritant au moins 170. C’est très peu: auparavant, on estimait qu’il existait des millions, voire des milliards d’espèces bactériennes intestinales et que chacun disposait d’une flore unique. Ce n’est donc pas le cas, même s’il existe une grande variété entre les individus.

Par ailleurs, l’analyse du métagénome bactérien d’habitants de trois continents – Europe, Etats-Unis et Japon – a révélé  que tous les individus pouvaient être classés en trois groupes distincts. Chacun de ces «entérotypes» est caractérisé par une population bactérienne prédominante et sa composition ne semble dépendre ni du sexe, ni de l’âge ni même à la zone géographique.

Les différentes flores bactériennes

Quant au projet américain Humain Microbiome Project (HMP), il est encore plus vaste. Il vise à séquencer toutes les bactéries qui peuplent l’organisme humain – non seulement celles de l’intestin, mais aussi celles qui colonisent la peau, le tube digestif, le nez ou le vagin. Son but est de constituer une base de données des gènes bactériens qui sera mise à la disposition des chercheurs.