Les secrets du microbiote

Qui n’a encore jamais entendu parler du microbiote? Ce nom un peu compliqué désigne la flore bactérienne qui se cache à l’intérieur de notre organisme. Les bactéries nous colonisent véritablement, nichées par dizaines de milliards dans différents endroits de notre corps: la bouche, le ventre, les zones génitales, la peau, les poumons, etc. Perçues le plus souvent comme des organismes nocifs, à l’origine de maladies parfois redoutables, elles ont en réalité bien d’autres pouvoirs. N’en déplaise aux plus hygiénistes d’entre nous, nous vivons donc en communauté, voire carrément en symbiose avec elles.

Cette cohabitation n’est pas un fait nouveau pour les scientifiques, mais les progrès immenses de la microbiologie réalisés ces dix dernières années leur ont permis de voir toutes ces interactions sous un jour nouveau. En effet, grâce au séquençage du métagénome bactérien (l’ensemble de l’ADN d’une communauté microbienne complexe), on a désormais une vision beaucoup plus globale et précise de ce qui s’apparente à un vrai écosystème. Ces technologies à haut débit, utilisées pour le séquençage, ont permis de mieux identifier cette population et de prendre conscience de son importance. Extrêmement rapides et de moins en moins coûteuses, elles sont à même de traiter la quantité d’informations générées par le séquençage du métagénome, qui augmente de manière exponentielle.

Qu’est-ce que le microbiote exactement?

Le microbiote se compose d’environ un million d’espèces différentes, dont environ 13’000 portent un nom scientifique. Des chiffres à donner le tournis et, pourtant, le catalogue n’est pas exhaustif puisque les chercheurs ne cessent d’en découvrir de nouvelles. La complexité et la variabilité de cette flore chez un même individu sont telles qu’on considère aujourd’hui le microbiote comme un organe à part entière. Sa composition et son importance diffèrent selon les parties du corps, sachant que la sphère gastro-intestinale abrite la majorité de ces micro-organismes.

A quoi sert-il?

Le microbiote joue dans notre organisme un rôle homéostatique – maintien de notre équilibre physiologique entre les limites des valeurs normales –, en étant le garant de notre bonne santé. Un déséquilibre de ce milieu peut en effet conduire à la prédisposition ou au développement de maladies inflammatoires de l’intestin notamment, mais pas seulement. Il contribue activement au maintien du bon fonctionnement de notre immunité en constituant une barrière contre les agents pathogènes externes, en d’autres termes une protection contre les «mauvaises bactéries». Il régule aussi le niveau d’inflammation dans notre organisme pour que les réponses immunitaires soient adéquates.

Le microbiote remplit aussi d’autres fonctions, indispensables à notre digestion. Les bactéries de la sphère gastro-intestinale dégradent des sucres végétaux complexes (les fibres), un processus qu’on ne peut réaliser sans leur aide. Elles synthétisent les vitamines et produisent des acides gras impliqués dans le contrôle de la satiété, d’où les nombreuses recherches portant sur le lien entre le microbiote et l’obésité.

D’autres maladies, plus éloignées de la sphère intestinale, pourraient être liées à la nature même du microbiote des individus. Aujourd’hui, les chercheurs explorent les liens entre microbiote et maladies cardiovasculaires, neurologiques (sclérose en plaques, maladie de Parkinson), mais aussi les allergies, l’asthme ou encore les troubles du développement tels que l’autisme. Les perspectives de compréhension sont potentiellement énormes, mais à ce jour, on n’est pas en mesure d’établir des liens de causalité entre le microbiote et ces maladies. Nul doute que la recherche progressera et que le futur donnera de nouveaux éclairages sur ces pathologies avec des espoirs de nouveaux traitements.

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Paru dans Planète Santé magazine N° 30 – Août 2018